Çırağan Sarayı’nın ek binalarından ( Matbah-ı Amire ve Istabl-ı Amire Binalarından ) birisidir. 1910 yılında çıkarılan Çırağan Sarayı yangınından bu yapılarda üzerine düşen payı almıştır.
1909 yılında Kaptan Hamit Naci Bey tarafından “Milli Ticareti Bahriye Kaptan ve Çarkçı Mektebi Alisi” adıyla açılan özel okul önce Azapkapı’ya sonra Üsküdar’a, 1927 yılından itibaren de Ortaköy’e nakledilmiştir.
1928 yılında Cumhuriyet Hükümeti, okulu Kaptan Hamit Naci Bey’den devralarak “Yüksek Deniz Ticaret Mektebi" adıyla yeniden açmış, öğretim programları yeniden hazırlanmış ve günün şartlarına göre modern donanım ile donatılmıştır. Binaya yatakhane ve spor salonu eklenmiştir.
1982 Yılında Yüksek Denizcilik Okulu’nun Tuzla’ya taşınması ile boşalan bina ve tesisler orta kademe gemiadamı yetiştirmek üzere MEB’e devredilmiştir. 1982 yılında “Güverte” ve `` Gemi Makineleri`` bölümleri ile faaliyete geçmiş ve parasız yatılı öğrenci alımına başlanmıştır.
1983-1984 öğretim yılında okulumuz bünyesine ``Gemi Elektroniği ve Haberleşme`` bölümü de eklenmiştir. Denizcilik mesleği ile ilgili eğitim ve öğretim faaliyetlerinin yürürlükte bulunan ulusal ve uluslararası denizcilik mevzuatı esaslarına göre gerçekleştirilmesi zorunluluğu sebebiyle 1985-1986 Öğretim yılından itibaren okulumuzda bir kısım derslerin İngilizce verilmesi kararı alınmış, eğitimin ilk yılı hazırlık olmak üzere toplam 4 yıllık Denizcilik Lisesi`ne dönüştürülmüştür.
Aynı yıl Güverte ve Gemi Elektroniği ve Haberleşme bölüm atölyeleri günün şartlarında modern donanımla donatılmıştır.